SNP分型方法介绍

  SNP全称Single Nucleotide Polymorphism，即单核苷酸多态性，是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括转换，颠换，插入和缺失，形成的遗传标记，其数量很多，多态性丰富，有些SNP位点直接影响基因功能，从而导致生物性状改变。单核苷酸多态性是研究人类家族和动植物品系遗传变异的重要依据。

目前检测SNP分型的方法主要有：直接测序法、Snapshot 法、Taqman法、MassArray法。

直接测序法

  在所有SNP的检测方法中，对待检测片段直接扩增、测序是最为准确的方法，也是SNP分析的“金标准”。通常情况下，纯合型SNP位点的测序峰为单一峰型，而杂合型SNP位点的测序峰为套峰，因而很容易将其区分开来。直接测序法不仅可用于对已知位点的检测，还可用于发现未知的SNP位点。
直接测序结果准确，但是成本高、通量低，适用于少位点，少样本的分型规模。

Snapshot 法

  该方法基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术，由美国应用生物公司(ABI)开发，也称小测序。在一个含有测序酶，四种荧光标记的ddNTP，紧挨多态位点5’端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经ABI测序仪电泳后，根据峰的颜色可知掺入的碱基种类，从而确定该样本的基因型，根据峰移动的胶位置确定该延伸产物对应的SNP位点。
Snapshot 法主要适用于中等通量的SNP分型项目。

Taqman法

  PCR 扩增时，在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针。该探针为一直线型的寡核苷酸，两端分别标记一个荧光报告基团和一个荧光淬灭基团，探针完整时，报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收， PCR 仪检测不到荧光信号； PCR 扩增时（在延伸阶段）， Taq 酶的 5' － 3' 外切酶活性将探针酶切降解，使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离，从而荧光监测系统可接收到荧光信号，即每扩增一条 DNA 链，就有一个荧光分子形成，实现了荧光信号的累积与 PCR 产物形成完全同步。

MassArray法

MassArray法中，根据单碱基延伸反应，紧挨SNP位点设计一段探针，在反应体系中以ddNTP替代dNTP，使探针仅在SNP位点处延伸一个碱基即终止。根据SNP位点的不同，探针将结合不同的ddNTP，从而具有不同的分子量，质谱仪即可检测出这种分子量差异，从而实现SNP分型的目的。

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