RNA pull-down是检测RNA结合蛋白与其靶RNA相互作用的主要技术之一，是近年来研究IncRNA、circRNA与蛋白质相互作用的主要手段。
其原理是是使用体外转录法标记生物素RNA探针，然后与细胞或组织的提取液进行孵育，形成RNA-蛋白质复合物。该复合物与链霉亲和素标记的磁珠结合，从而与孵育液中的其他成份分离。复合物洗脱后，通过WB实验检测特定的蛋白是否与RNA相互作用，或者运用质谱筛选RNA结合的未知蛋白。
| RNA Pull down 检测服务 | ||||
|---|---|---|---|---|
| 服务项目 | 服务内容 | 周期 | 交付内容 | 价格 |
| 制备正义链反义链探针 | 体外转录法 | 2周 |
WB 检测结果； 检测质谱图； 实验报告 |
在线询价 |
| RNA pull down | 捕获目标目标RNA及其结合蛋白 | 2周 | ||
| Western blot | 验证靶蛋白类型 | 1周 | ||
| LC-MS | 实验组、阴性对照 | 2周 | ||
建议选择顺丰快递，干冰运输，以避免样本降解。为保证样品及时处理，请避免样品在周末或法定节假日到达实验室。请在送样前与您的客户经理沟通样品送达时间。实验样品剩余样品钟鼎生物默认不做返还，请您注意保留备份。如需返还务必请在实验开展前书面说明并通知销售经理，且样品返还可能会产生额外的运输费用。希望得到您的理解！
| 样品类型 | 样品量 | 运输标准 | 注意事项 |
|---|---|---|---|
| 细胞样品 | 5*107个/份 | 干冰运输 | 悬浮细胞常温离心（1000-1500 rpm，5 min），常温离心收集细胞。贴壁细胞用胰蛋白酶消化后，吹打收集，PBS洗涤细胞，去除多余培养基和胰蛋白酶。开盖液氮速冻15 min，-80℃保存。 |
| 组织样品 | ＞2g | 干冰运输 | 用解剖刀等迅速切成小碎块，约200 mg，放入2.0 ml离心管中，开盖液氮速冻15 min，-80℃保存。
注：解剖刀处理组织的时间尽量控制在1min以内。 液氮速冻是必须开盖，以防炸裂。 |
| 总蛋白 | 2mg/ml | 干冰运输 | 每组量100ug，最少做五组，正义链实验组对照组，反义链实验组对照组，磁珠蛋白组，总蛋白量要500ug以上 |
1.THOC3 interacts with YBX1 to promote lung squamous cell carcinoma progression through PFKFB4 mRNA modification(IF=9.685)
这篇文献研究了THOC3在肺鳞状细胞癌（LUSC）中的作用，发现THOC3在LUSC中高表达且与预后不良相关。THOC3通过与YBX1结合，促进PFKFB4 mRNA从核输出到细胞质，并通过YBX1识别PFKFB4 mRNA 3′UTR中的m5C位点来维持其稳定性，进而促进LUSC的进展。
RNA pull-down实验在研究中起到了关键作用，它被用于验证THOC3和YBX1与PFKFB4 mRNA之间的相互作用。通过RNA pull-down实验，研究人员能够证明THOC3和YBX1是否直接结合到PFKFB4 mRNA的特定区域，尤其是3′UTR，从而确认了它们在PFKFB4 mRNA稳定性和功能维持中的作用。这些发现揭示了THOC3/YBX1/PFKFB4轴在LUSC中的致癌机制，并为开发新的LUSC治疗策略提供了潜在靶点。
图1.PFKFB4 mRNA由THOC3输出，并由YBX1稳定。
2. Long non‑coding RNA CTSLP8 mediates ovarian cancer progression and chemotherapy resistance by modulating cellular glycolysis and regulating c‑Myc expression through PKM2(IF=6.819)
这项研究聚焦于长链非编码 RNA（lncRNA）CTSLP8 在卵巢癌（OC）进展和化疗耐药中的作用。通过临床样本分析、细胞实验和动物模型等方法，研究发现 CTSLP8 在化疗耐药的卵巢癌组织中表达上调，可促进癌细胞增殖和顺铂耐药性发展。机制上，CTSLP8 能与 PKM2 结合，增强 PKM2 与 c-Myc 启动子区域的结合，进而上调 c-Myc 表达，促进细胞糖酵解，推动卵巢癌进展和化疗耐药。利用小鼠皮下肿瘤模型开展的体内实验也证实了 CTSLP8 对肿瘤化疗响应的影响，相关组织芯片分析进一步揭示了 CTSLP8 表达与卵巢癌顺铂耐药及预后不良的关联。
RNA pull - down 帮助研究人员发现了 CTSLP8 能够直接与 PKM2 结合。具体而言，研究人员以过表达 CTSLP8 的质粒为模板合成 CTSLP8，并用 Desthiobiotinylation 试剂盒对 CTSLP8 的 3’ 端进行标记，随后利用 RNA -蛋白质 pull-down 试剂盒开展实验，以标记后的 CTSLP8 作为靶标探寻与之互作的蛋白，最终通过质谱分析等手段确定了 CTSLP8 与 PKM2 的直接结合关系，为后续深入探究 CTSLP8、PKM2 和 c-Myc 之间的作用机制奠定了基础，有助于阐明 CTSLP8 在卵巢癌糖酵解及化疗耐药调控中的关键作用。
图2.CTSLP8与PKM2直接结合，与c-Myc表达呈正相关。
1.案例1
Lane M：Protein Marker
Lane 1：Bioeast Mag-SA+蛋白
Lane 2：标记正义链探针+Bioeast Mag-SA+蛋白
Lane 3：标记反义链探针+Bioeast Mag-SA+蛋白
2.案例2
Lane M：Protein Marker
Lane 1：Bioeast Mag-SA+对照组蛋白
Lane 2：Bioeast Mag-SA+正常组蛋白
Lane 3：Bioeast Mag-SA+过表达组蛋白
Lane 4：Bioeast Mag-SA+过表达组蛋白+标记正义链探针
Lane 5：Bioeast Mag-SA+正常组蛋白+标记正义链探针
Lane 6：Bioeast Mag-SA+对照组蛋白+标记反义链探针
3.生信分析
图4 GO功能注释和分类
图5 KEGG Pathway通路注释和分类
图6 String蛋白质互作网络分析
部分客户署名公司发表文章：
1.THOC3 interacts with YBX1 to promote lung squamous cell carcinoma progression through PFKFB4 mRNA modification.Cell Death and Disease (2023) 14:475(IF=9.685)
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