DAP-seq

DAP-seq(DNA亲和纯化测序)，成功将体内结合实验转移到体外，解决了ChIP抗体制备的困扰，极大的提高 DNA Binding Site发现的效率。 DAP-seq不仅能够超高通量查找TFBS，还能深入了解众多TF的生物学特性和结合位点结构，在任何有机体的顺反和表观研究中表现出巨大的价值。

具体方法为：通过体外蛋白表达技术，表达出带有标签的转录因子，和基因组 DNA 文库在体外进行结合，然后分离出所有与转录因子结合的 DNA，再使用高通量测序，找到转录因子的结合位点。

DAP-seq服务列表
服务项目	周期	交付材料及数据	报价
A、转录因子表达载体构建	2~3周	1、质粒冻干粉2ug 2、包含质粒的克隆菌株（甘油菌）1ml 3、载体构建COA文件	详细报价 请电询400-066-8086 或在线咨询
B、转录因子蛋白无细胞表达	1~2周	4、无细胞蛋白表达实验报告 5、WB检测报告
C、DAP-seq 文库构建	1~2周	6、文库构建实验报告
D、DNA亲和纯化	2周	7、亲和纯化实验报告
E、illumina二代测序	2周	8、原始数据
F、数据处理及分析	2周	9、MEME数据分析 10、转录因子结合motif序列推论

图文版

部分客户署名钟鼎生物的文献

1.细菌材料
High Osmotic Stress Increases OmpK36 Expression through the Regulation of KbvR to Decrease the Antimicrobial Resistance of Klebsiella pneumoniae.spectrum on 06 June 2022 by 113.56.232.76(IF =9.04)

该文章分析了KbvR调控外膜蛋白OmpK36在肺炎克雷菌致病及耐药中的作用和机制，其中DAP-seq部分由钟鼎生物协助完成。

本文分析了渗透压环境刺激对肺炎克雷伯菌生长、外膜蛋白表达、外膜通透性以及耐药性的影响及其可能的调控机制。证明KbvR作为一个新发现的转录调控因子，在高渗环境下，全局调控因子Fis可以直接感应渗透压环境压力并正调控KbvR的表达，再通过KbvR和OmpR正调控外膜蛋白OmpK36合成，导致细菌膜通透性增加，从而降低肺炎克雷伯菌对头孢西丁和头孢唑林的耐药性。本研究从环境因素的角度阐述了渗透压环境刺激对肺炎克雷伯菌耐药性的影响，为将来改善临床肺炎克雷伯菌多重耐药问题提供了一个新的治疗思路。

2.动物材料
The Keap1-Nrf2/ARE signaling pathway regulates redox balance and apoptosis in the small yellow croaker (Larimichthys polyactis) under hypoxic stress(IF =8.2)

这篇文章深入探究了在低氧胁迫下，小黄鱼体内 Keap1-Nrf2/ARE 信号通路如何调节氧化还原平衡及细胞凋亡，其中DAP-seq部分由钟鼎生物协助完成。

研究通过体内和体外实验发现，低氧胁迫会激活该信号通路，使 LpNrf2 蛋白与 LpKeap1 蛋白相互作用减弱，促使 LpNrf2 进入细胞核并增强其与 ARE 的结合活性，从而激活下游靶基因表达。还利用 DAP-seq 和 RNA-seq 联合分析，找到了 6 个关键靶基因，这不仅有助于理解小黄鱼适应低氧胁迫的机制，还为培育耐低氧新品系提供了潜在靶点。

3.植物材料
Regulatory mechanism of MeGI on sexuality in Diospyros oleifera.Front. Plant Sci., 22 February 2023(IF =6.627)

这篇文章聚焦于MeGI转录因子在油柿（Diospyros oleifera）性别分化中的调控作用，通过一系列实验揭示了其通过调控与生物钟、水杨酸合成及黄酮类化合物合成相关基因来影响植物性别的分子机制，其中DAP-seq部分由钟鼎生物协助完成。

研究人员利用多种技术手段，如染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、DNA亲和纯化测序（DAP-seq）和RNA测序（RNA-seq），发现MeGI在拟南芥中异位表达时会抑制雄蕊发育，且在油柿中MeGI的表达差异与性别分化密切相关。此外，研究还发现MeGI通过调控WRKY28基因影响水杨酸水平，进而调控花的性别。

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