菌种鉴定服务案例

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实验报告 在线QQ技术支持2

摘要

通过DNA测序对微生物进行物种鉴定(菌种鉴定)是比传统生化鉴定更先进的鉴定方法。DNA测序不依赖菌种本身特点,对所有菌种均可使用。比传统生化鉴定更加快速,准确。钟鼎生物技术公司提供的微生物物种鉴定服务包括细菌16 srDNA鉴定和真菌26 srDNA鉴定、真菌ITS鉴定,通过PCR扩增16 SrDNA或26 SrDNA片段,测序后在GeneBank或者Eztaxon对比即可。一般序列相似度在97%以上就可以认为是同种菌种。

1 试剂和耗材

名称 公司 货号 名称 公司 货号
1例斜面菌、2×Taq PCR MasterMix 南京钟鼎生物技术有限公司 PC16-1 DL2000 DNA Plus Marker(100、250、500、750、1000、1500、2000 bp) 南京诺唯赞生物技术有限公司 MD101
Agarose 西班牙Biowest公司 91622 枪头、胶回收试剂盒 美国Axygen公司 AP-GX-50
名称:引物 公司:滁州通用生物

 

2 主要实验仪器

仪器名称 公司 仪器名称 公司
基因扩增梯度PCR仪 杭州博日 台式高速冷冻离心机 美国BECKMAN公司
泳仪:JY-600型、电泳槽:JY-SP-B型、凝胶紫外分析仪:JY02S型 北京君意东方电泳设备有限公司 恒温水浴锅 美国Amersham Pharmacia公司
移液器 德国Eppendorf公司

 

3 实验方法及结果

3.1 引物信息

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3.2 PCR反应体系

以客户提供的菌为模板,PCR扩增ITS。

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引物扩增条件的设置:94℃ 5 min;94℃ 30 s,58℃ 30 s,72℃ 30 s循环35次;72℃ 10 min。产物进行琼脂糖凝胶电泳,如下:

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图1 PCR产物的电泳检测
Fig.1 Agarose gel electrophoregram of PCR product
Lane M:DL2000 DNA Plus Marker
Lane 1:样本

胶回收PCR产物,送测序公司测序。

3.3 测序比对

样品:

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Query 9 GGTG-ACCTGCGGAGGGATCATTACACAATAAAATACGAAGGCCGTTCGCGGCTGGACTA 67
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Sbjct 7 GGTGAACCTGCGGAGGGATCATTACACAATAAAATACGAAGGCCGTTCGCGGCTGGACTA 66
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Query 548 TTAAGCATATCAA 560
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Sbjct 547 TTAAGCATATCAA 559

3.4 实验结论

3.4.1 经过NCBI数据库比对:

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