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不管是质粒小量提取还是质粒大提，其原理都很简单，通过一定方法使在细菌内大量扩增的质粒释放出来，然后按照实验步骤进行纯化，最终将目的质粒提取出来。与质粒大提不同的是，质粒小提常被用于质粒鉴定和对纯度要求不是很高的实验，本文将会介绍质粒小量提取的三种常用方法，包括碱裂解法、煮沸法以及试剂盒法。
三种方法的比较
| 方法 | 优点 | 缺点 |
|---|---|---|
| 碱裂解法 | 操作简单 得率高 纯度高、污染少 |
费时 容易导致不可逆变性 |
| 煮沸法 | 操作简单 节省时间 |
回收率低 条件过于剧烈 |
| 试剂盒法 | 纯度高 快捷高效 |
成本高 得量少 |
碱裂解法
碱裂解法是最常用的小量制备质粒DNA的方法，这种方法是基于DNA的变性与复性差异而达到纯化的目的。碱性使质粒DNA变性，再将pH值调至中性使其复性，复性的为质粒DNA，而染色体DNA不会复性，缠结成网状物质，通过离心除去。
操作步骤
①在5ml无菌LB培养液中接种一个单菌落，37℃培养至饱和状态（过夜）；
②取1.5ml培养液以最大转速离心20s，弃上清；
③在沉淀中加入100μl GTE溶液彻底重悬并于室温静置5min；
④加人200μl NaOH/SDS溶液，用指头敲击管壁混匀，放于冰面上5min；
⑤加人150μl 乙酸钾溶液，在涡旋混合器上振荡2s混匀，放于冰面上5min；
⑥离心3 min,然后吸取上清液移入干净的微量离心管中，加0.8ml 95%乙醇，于室温静置2 min；
⑦室温离心1 min,弃上清，用1ml 70%的乙醇清洗沉淀，然后真空干燥；
⑧沉淀用30μl TE缓冲液重溶，于4℃短期保存，于-20℃或-70℃长期保存，取2.5〜5μl进行酶切分析。
注：如有必要，在酶切反应液中加入1 μl 10mg/ml RNA酶溶液以去除污染的RNA。
煮沸法
煮沸法的原理是利用高温来破坏细菌细胞，同时利用溶菌酶酶解细菌细胞。高温破坏了细胞壁，还有助于解开DNA链，并使蛋白质和染色体DNA变性。温度下降时DNA链恢复成超螺旋。离心去除变性的染色体DNA和蛋白质，最后从上清液中提取质粒DNA。这种方法十分快捷，但是提取出来的质粒DNA质量要比碱裂解法差。
操作流程
①在5ml LB培养液中接种一个单菌落，37℃培养至饱和状态或至少到对数生长期（约6h）；
②取1.5ml菌液以最大转速离心20s，弃去上清；
③在沉淀中加入300μl含200μg溶菌酶的STET溶液重悬，在涡旋混合器上震荡混匀，放置在冰上30s-10min；（菌体一定要完全重悬）
④将管放入沸水中煮1-2min；
⑤离心15-30min，吸上清移入一个新的微量离心管中；
⑥加入200μl预冷的异丙醇，于-20℃放置15-30min；
⑦以最大转速离心5min，倒转离心管，弹数次，去除上清，真空干燥直至沉淀呈透明状
⑧沉淀用50μl TE缓冲液重溶，于4℃短期保存，于-20℃或-70℃长期保存，取2.5〜5μl进行限制酶酶切分析。
试剂盒法
试剂盒法是在碱裂解法的基础上发展起来的的方法，其原理经碱裂解获得的含质粒的上清液和高盐的结合缓冲液混合后，加到能高效、专一吸附DNA的特殊硅基质填充的离心吸附柱子中，再离心洗涤杂质，最后将质粒DNA洗脱出来。在提取液中含有RNaseA，可以在提取纯化过程中除去RNA,方便快捷。该方法最大的优势是不用苯酚、氯仿抽提，大大减少对质粒DNA的破坏，且纯度很高。操作方法见各个厂家的操作说明说，在此不作赘述。
尽管试剂盒法目前已经广泛应用，但是想要提取大量高纯质粒DNA依旧不是一件简单的事，尤其是大分子，低拷贝的质粒DNA，且试剂盒一般价格不菲，所以传统的质粒提取的方法仍然有其用武之地.其实说到底，还是要从原理上去理解质粒提取，针对不同性质、不同菌种和不同大小的质粒，选用合适的方法，有效调控提取过程中的各种因素，这样才能获得高纯度的质粒DNA
钟鼎生物依据客户需求，可以提供常规质粒提取，高纯度质粒提取以及去内毒素质粒提取，制备的质粒DNA没有RNA的污染，内毒素可低于50EU/mg，蛋白质小于3ug/mg质粒DNA，基因组DNA小于10ng/mg质粒DNA，OD260/OD280介于1.85-1.90之间，超螺旋的比例达到90%以上，满足不同的实验需求。
