分子对接(molecular docking )是分子模拟的重要方法之一，其本质是两个或多个分子之间的识别过程，其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。以化学小分子和受体蛋白来举例，分子对接主要做两件事。
（1）预测结合模式（binding mode）：配体小分子能不能结合到蛋白的结合口袋？如果可以，结合到口袋的哪里？以什么样的方式和构象结合？
（2）预测结合强弱（亲和力，affinity）：如果以预测的模式结合，结合强弱怎样？
早期是用“锁钥模型"来解释配体-受体结合的机制，也称为刚性对接。后来又有人提出“诱导契合”学说，即蛋白和底物结构发生变化来契合对接，也称为柔性对接。
1、刚性对接：受体和配体的构象固定不变。
2、半柔性对接：受体刚性，配体柔性。
3、柔性对接：允许配体和受体的构象发生变化。
分子对接的流程一般分为以下5个步骤，（1）通过数据库下载或同源模建构建受体三维结构 （2）通过晶体数据库下载或者分子模拟方法构建药物分子三维结构（3）处理配体及受体，选择合适的靶点（4）选择参数进行对接（5）分析结果。
1.位点预测图
2.所有对接可能构象亲和力打分表
3.优势结合构象对接图绘制
