GST pull down 和 Co-IP的关系

GST pull down和 Co-IP （Coimmunoprecipitation）是研究蛋白质相互作用的两种方法。两者的区别是，一个是直接自然发生的，一个是很难发生会对于发生条件有要求的。

打个比方:
　　GST pull down 就像把一男一女放在孤岛上，同类男女之间该发生的一般都会发生。这种关系是直接的， 西方的。
　　Co-IP则是，众里寻他千百度， 那人却在灯火阑珊处。一个蛋白在本性上可以同时喜欢很多其他的蛋白，但是最终还是会有个最喜欢的， 而在Co-ip中就能发现他的喜好。这种关系可能是直接的， 也可能是间接的，是更接近于东方的。

　　免疫共沉淀的话蛋白质是处于天然状态，蛋白质的相互作用可以在天然状态下进行，可以避免认为影响，还可以分离得到天然状态下相互作用的蛋白复合体。
　　但是问题是两种蛋白质的结合可能不是直接结合，而可能有第三者在中间起桥梁作用；而且必须在实验前预测目的蛋白是什么，以选择最后检测的抗体，如果抗体选错了就没有结果。

　　GST pull-down是将GST融合蛋白作为探针固化到凝胶柱上，与溶液中的目的蛋白结合。可以用来确定融合（或探针）蛋白与未知（或靶）蛋白间的新的相互作用，证实探针蛋白与已知蛋白质间可疑的相互作用。
　　但问题是这个方法可能会出现假阳性。也就是也许是因为电荷作用的影响造成的吸附，而不是生理性的相互作用。

有关Control和多方取证

　　我们做试验，都要有实验组，对照组（阴/阳）。即使体外生化实验都达成了, 还要通过多方取证来确定两个蛋白之间确定的生理关系。
　　尤其在蛋白实验里，假阴性，假阳性泛滥。如何辨别真伪? 需要靠缜密的阴性/ 阳性对照组来检验。
　　要把蛋白和已知相干/不相干的蛋白放在一起，以此来检验实验手段是否能够区分这两种情况。通过移除一个蛋白，来看另一个蛋白的生理表现.，看它是不是专一的。
　　在生物实验中， 单一的证据都是薄弱的，无论看起来多么合理正确，都要通过对照和多方取证才能确定真实的事实。

变化

　　蛋白在细胞内从被产生，到被销毁,，并非一成不变，而是非常动态的。
　　氧化、还原、去磷酸化、磷酸化,、去泛素化、泛素化、脂肪酸化、脱脂肪酸化等； 与其他蛋白或小分子物质的结合、分离；都会使蛋白的功能发生很大变化。
　　两个蛋白的关系可能在这种情况下会这样，在那种情况下那样，有时候这些变化是可逆的，比如磷酸化。有时变化是不可逆的，比如氧化。
　　细胞内ATP、GTP这些小分子也可能起到极大的作用，蛋白结合了他们就会变化， 蛋白的功能也会随之变化。如Ras，在结合了GTP以后就变得非常活泼， 可以引发细胞分化，形态变化。不过，Ras 若是持续的结合GTP不放手，那么细胞就会癌化。 因此，细胞内很多物质都能改变蛋白质特性。

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