1.假阴性，不出现扩增条带

     (1)模板

①模板提取过程纯度不理想，含有杂蛋白质或混人其他有机溶剂等;
②模板中含有Taq 酶抑制剂;
③模板量过少。

     (2)引物

①引物质量不理想或者降解。
②两条引物的浓度是否对称。有些批号的引物合成质量有问题，两条引物一条浓度高，一条浓度低，造成低效率的不对称扩增，对策为:a.选定一个好的引物合成单位; b. 将配制的引物储存液(10umol/L) 进行琼脂糖凝胶电泳鉴定，检测两条引物是否条带特异、无降解以及亮度大体一致，如果条带特异，但是亮度不均一，则在稀释引物时要平衡其浓度，保证进行PCR扩增的引物浓度相等。
③引物应高浓度(100μmol/L)小量分装保存，防止多次冻融反复冻融，造成降解失效。
④引物设计不合理，如引物与模板之间匹配长度不够，或者上下游引物间G+C含量(Tm值)相差太大，造成无法获得特异性目的条带。

     (3) PCR程序

①模板变性不彻底，此时需要增加变性时间;
②退火温度不合适;
③延伸时间不够，每种酶的能力与性质不同，需要根据每种酶的说明书设定合适的延伸时间；
④酶是否需要热启动等特殊程序。

2.假阳性，出现非特异性扩增带或引物二聚体

     (1)假阳性

在阴性对照管中出现的PCR扩增条带与目的靶序列条带一致，有时其条带更整齐，亮度更高。

①引物设计不合适。选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源性，因而在进行PCR扩增时，扩增出的PCR产物为非目的性的序列。靶序列太短或引物太短，容易出现假阳性。需重新设计引物。

②靶序列或扩增产物的交叉污染。可用以下方法解决: a.操作时应小心轻柔，防止将靶序列吸人加样枪内或溅出离心管外; b.除酶及不能耐高温的物质外，所有试剂或器材均应高压消毒，所用离心管及进样枪头等均应一次性使用; c.必要时，在加标本前，反应管和试剂用紫外线照射，以破坏存在的核酸; d. PCR各试剂成分应该分装，出现假阳性后替换所有试剂。

     (2)出现非特异性扩增带或引物二聚体

  非特异性条带的出现，主要原因有:
①引物设计不合理，有错配或者引物二聚体的现象发生;
②退火温度过低，及PCR循环次数过多;
③酶的质和量，选择性能较好的酶可以避免非特异性扩增，此外，酶量过多有时也会出现非特异性扩增。
  针对上述情况的措施有:
①尝试不同的酶和体系;
②降低引物量，适当增加模板量，减少循环次数，可以避免引物二聚体和非特异扩增;
③适当提高退火温度或采用两步法。

     (3) Smear 现象

  PCR扩增有时出现smear现象，其原因有如下几种:
①酶量过多或酶的质量差;
②变性时间过短;
③循环次数过多;
④延伸时间过长;
⑤模板量过多或者dNTP浓度过少。

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